O conjunto de disciplinas oferecidas no Programa é composto por dois núcleos, um de disciplinas obrigatórias (códigos EC1XX) e outro de disciplinas eletivas (códigos EC3XX e EC7XX). O núcleo de disciplinas obrigatórias discute temas de interesse coletivo a respeito da pesquisa acadêmica e educacional nas áreas abrangidas pelo Programa ou trata da discussão e do acompanhamento dos projetos de pesquisa dos alunos de mestrado e de doutorado participantes.
Já o núcleo de disciplinas eletivas abrange temas mais específicos de natureza teórica do campo da Educação, da Educação em Ciências ou da Educação Matemática (disciplinas EC7XX), ou temas específicos das ciências teóricas ou experimentais no campo das Ciências da Natureza e da Matemática (disciplinas EC3XX). Estimula-se que as disciplinas de ambos os núcleos sejam oferecidas de forma conjunta entre os professores do programa, permitindo uma maior integração entre as visões de fundamentos de ensino, de ciências naturais e de matemática.
Dentre as disciplinas eletivas, os alunos devem cursar, considerando o oferecimento das mesmas, 04 créditos dentre as EC3XX e 04 créditos dentre as EC7XX.